報關工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段
（一）無紙化出口貨物的申報
出口貨物的收、發貨人或者他們的代理人，在大陸貨物出口時，應在海關規定的期限內，按海關規定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業單據，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種：報關單、報關委托書、發票、合同、裝箱單，一般填寫一式二份（深圳海關要求報關單份數為三份）。報關單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，報關單內各欄目。
（二）進出口貨物的查驗
進出口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。
海關查驗貨物，應在海關規定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經海關同意，海關可以派人員在規定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。
海關查驗貨物時，要求貨物的收、發貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當到場作為見證人。
（三）進出口貨物的放行
海關對進出口貨物的報關，經過審核報關單據、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續或減免稅手續后，在有關單據上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進出口貨物的監管才算結束。
另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規定。
